#!/bin/sh -e

##########################################################################
#   Script description:
#       Run haplohseq example
#
#   https://sites.google.com/site/integrativecancergenomics/software/haplohseq
#       
#   History:
#   Date        Name        Modification
#   2019-11-13  Jason Bacon Begin
##########################################################################

usage()
{
    printf "Usage: $0 directory\n"
    exit 1
}


##########################################################################
#   Main
##########################################################################

if [ $# != 1 ]; then
    usage
fi

dir="$1"

if [ -e "$dir" ]; then
    printf "'$dir' already exists.  Please remove it or specify another.\n"
    exit 1
fi
cp -R %%EXAMPLESDIR%% "$dir"
cd "$dir/example"
sh ./example_run.sh
